روزنامه جمهوری اسلامی در سرمقاله خود به موضوع ردیف های بودجه و لزوم قطع شدن بودجه حوزه های علمیه و موسسات وابسته به آن ها گفته است. این روزنامه که به خاطر موضع گیری های جنجالی و متفاوتش شناخته می شود، مدعی شده که حوزه های علمیه همیشه مستقل از دولت ها بوده و باید استقلال مالی خود را نیز حفظ کنند.
بخش هایی از سرمقاله روزنامه جمهوری اسلامی در مورد لزوم قطع شدن بودجه حوزه های علمیه به شرح زیر است:
مسئولان دولتی این روزها درباره چگونگی بودجه سال آینده سخنان زیادی می‌گویند ولی جای یک موضوع در این سخنان خالی است. این موضوع به ردیف‌هائی مربوط است که تأمین آنها از وظایف ذاتی دولت نیست ولی متأسفانه از یک مقطع زمانی خاص به بودجه کل کشور تحمیل شد و تا امروز ادامه دارد.
لزومی ندارد درباره دولت‌هائی که مرتکب این تخلف شدند سخن بگوئیم، مهم اینست که غیرمنطقی بودن این تحمیل درک شود و این ردیف‌ها از لایحه بودجه کل کشور حذف گردند.
حوزه‌های علمیه و مؤسسات وابسته به آنها و همینطور بنیادها و مؤسساتی که خارج از دستگاه‌های مرتبط با قوای سه‌گانه و متعلق به افراد خاص و موضوعات خاص هستند، در سال‌های اول انقلاب ردیفی در بودجه کل کشور نداشتند. اختصاص یافتن ردیف به این مجموعه، بار اضافی سنگینی بر دوش بودجه و در واقع ملت بود که متأسفانه اتفاق افتاد و به تدریج گسترش پیدا کرد.
حوزه‌های علمیه در طول تاریخ، مستقل از دولت‌ها اداره شدند و بودجه آنها از وجوه شرعیه و هدایای مردم تأمین می‌شد. همین ویژگی موجب استقلال حوزه‌ها و روحانیت شیعه بوده و زمینه‌ساز قدرت معنوی و نفوذ فوق‌العاده مراجع و علمای دین در قلب توده‌های مردم شد.
متأسفانه حوزه‌های علمیه به توصیه اکید امام خمینی مبنی بر پرهیز از دریافت بودجه دولتی عمل نکردند و همین وابستگی به بودجه دولتی علاوه بر ضربه وارد کردن به استقلال حوزه‌ها و روحانیت، میان آنها و مردم نیز فاصله انداخته است. نباید اجازه داده شود این فاصله زیادتر شود و باید با قطع کردن بودجه دولتی حوزه‌ها زمینه برای از بین رفتن فاصله ایجادشده فراهم گردد.
نباید عده‌ای تصور کنند پیشنهاد قطع شدن بودجه دولتی حوزه‌ها نوعی مخالفت با روحانیت و حوزه‌های علمیه است. واقعیت کاملاً عکس این تصور است. وابستگی حوزه‌ها به بودجه دولتی علاوه بر خطرهائی که اشاره کردیم، زیان‌های زیاد دیگری نیز دارد که بر اهل فن پوشیده نیست. کسانی که با وابسته بودن حوزه‌های علمیه به بودجه دولتی مخالفند دلسوزان روحانیت و حوزه‌ها هستند و باید به نگرانی‌های آنها توجه شود.
دستگاه‌هائی با عناوین خدمت به فرهنگ اسلامی، بنیادهائی که برای ترویج اشخاص تأسیس شده‌اند و مؤسساتی که با عناوین و نام‌های گوناگون و بهانه‌های رنگارنگ از بودجه دولتی ارتزاق می‌کنند، پدیده‌هائی هستند که به بودجه دولتی آویزان شده‌اند ولی خاصیتی ندارند. بسیاری از این دستگاه‌ها که خود را مروج فرهنگ می‌دانند یا مثلاً مدعی پاسداری از زبان فارسی هستند، نه‌تنها خدمتی به فرهنگ نمی‌کنند بلکه فقط مقادیری ساختمان و وسیله نقلیه و سایر امکانات را معطل نموده و مبالغی حقوق به افرادی پرداخت می‌کنند که بود و نبودشان تفاوتی ندارد و در مواردی حتی بودجه نظام جمهوری اسلامی را می‌خورند و به خود نظام فحاشی می‌کنند!
دولت سیزدهم باید شجاعت قطع کردن بودجه این دستگاه‌ها و حذف ردیف‌های آنها را داشته باشد، از ملامت‌ها نهراسد و در برابر فشارها مقاومت کند. دولتمردان ما به‌ویژه بودجه‌نویسان به این واقعیت تلخ توجه کنند که آموزش و پرورش کشور سالهاست دچار کمبود امکانات و کسری شدید بودجه است. همواره شعار می‌دهیم که آموزش و پرورش، وزارتخانه بنیانی و زیرساختی است ولی هرگز به الزامات این شعار کاملاً صحیح پای‌بندی نشان نمی‌دهیم.
اکنون وقت آنست که دولت بودجه دستگاه‌هائی که دارای ردیف‌های تحمیلی هستند را قطع کند و آن را به وزارت آموزش و پرورش اختصاص بدهد. این اقدام شجاعانه را دولت سیزدهم باید از همین اولین بودجه‌ای که تدوین می‌کند انجام دهد. بودجه کل کشور نیازمند جراحی عمیق است. این جراحی را اگر امروز انجام ندهید، فردا قطعاً دیر است.
گذری چندبار رد شدم وقتی میرفتم اصفهان. یه بارم اقامت کردیم و بازار و حرم و مناطق مرکزیشو رفتیم . مایی که مذهبی هستیم دهنمون باز مونده بود. یعنی کل قم ساختمونای فرهنگی مذهبیه با کلی اخوند. نمیدونم چطوری بگم. اما فکر کنین از راه اهن تا چهارراه ولیعصر همش اخوند راه بره. ما همینقدر با تاکسی رفتیم وگرنه خیلی بیشتر بود .ساختمونای شیک بزرگ مجلل. کلی اخوند. چشم بسته میگم حداقل نصف شهر اخونده.
گذری چندبار رد شدم وقتی میرفتم اصفهان. یه بارم اقامت کردیم و بازار و حرم و مناطق مرکزیشو رفتیم . مایی که مذهبی هستیم دهنمون باز مونده بود. یعنی کل قم ساختمونای فرهنگی مذهبیه با کلی اخوند. نمیدونم چطوری بگم. اما فکر کنین از راه اهن تا چهارراه ولیعصر همش اخوند راه بره. ما همینقدر با تاکسی رفتیم وگرنه خیلی بیشتر بود .ساختمونای شیک بزرگ مجلل. کلی اخوند. چشم بسته میگم حداقل نصف شهر اخونده.